Harry trávi letné prázdniny u Dursleyovcov, izolovaný a frustrovaný, pretože nedostáva žiadne správy od svojich priateľov ani od Dumbledora. Cíti sa opustený, najmä po tom, čo bol svedkom návratu lorda Voldemorta na konci predchádzajúceho školského roka. Jedného dňa je spolu s Dudleym napadnutý dvomi Dementormi v malej uličke v Little Whinging. Harry použije Patronovo zaklínadlo, aby ich zahnal, čím však poruší zákon o nepoužívaní mágie neplnoletými mimo školy. Ministerstvo mágie mu pošle oznámenie o vylúčení z Rokfortu. Dumbledore však zasiahne a zabezpečí Harrymu vypočúvanie, na ktorom je vďaka svedectvu pani Figgovej, muklorodenej susedky, napokon oslobodený.
Po tejto udalosti Harryho odvedie skupina čarodejníkov do Londýna, do sídla Fénixovho rádu na Grimmauldovom námestí 12. Tam sa stretne s Ronom, Hermionou a ďalšími členmi Rádu – tajnej organizácie, ktorú vedie Dumbledore a ktorá bojuje proti Voldemortovi. V tomto období Harry zistí, že Ministerstvo mágie sa snaží diskreditovať všetkých, ktorí tvrdia, že sa Voldemort vrátil. Denný prorok ho označuje za klamára, a rovnako aj Dumbledora. Navyše sa mu zdá, že ho Dumbledore úmyselne ignoruje a nechce s ním hovoriť.
Po návrate do Rokfortu sa situácia nezlepší. Ministerstvo posiela na školu novú profesorku Obrany proti čiernej mágii, Dolores Umbridgeovú. Tá čoskoro preberá kontrolu nad celou školou ako „Veľká inkvizítorka“ a zavádza množstvo prísnych pravidiel. Umbridgeová odmieta uznať návrat Temného pána, vyučuje len teóriu a zakazuje študentom praktické precvičovanie obranných kúziel. Harry sa postaví proti nej, za čo je tvrdo potrestaný – musí písať slová do poznámkového zošita kúzelným perom, ktoré mu zároveň reže tieto slová do kože na ruke. Utrpenie znáša potichu, no jeho hnev narastá.
Hermiona navrhne založiť tajnú skupinu študentov, ktorí by sa učili obrannú mágiu prakticky. Tak vzniká Dumbledorova armáda (DA), ktorú vedie Harry. Skupina sa tajne stretáva v Komnate najvyššej potreby, kde Harry učí ostatných spolužiakov rôzne kúzla, vrátane Patronovho zaklínadla. Medzi členmi sú Neville, Luna, Ginny, Cho a ďalší. Harry sa zblíži s Cho Changovou a chvíľu spolu aj chodia, no vzťah sa kvôli nedorozumeniam a Choinej kamarátke, ktorá zradí DA, rýchlo rozpadne.
Harry zároveň začína mať silné sny a vízie, ktoré ho spájajú s Voldemortom. Vidí, čo Temný pán robí, a často má pocit, že sa pozerá jeho očami. Dumbledore mu preto nariadi učiť sa Oklumenciu – ochranu mysle – u profesora Snapea. Lekcie sú nepríjemné, Harry sa nedokáže sústrediť a počas jednej z nich sa dostane do Snapeovej mysle. Vidí tam spomienku, ako jeho otec James šikanuje mladého Snapea, čo natrvalo naruší jeho idealizovaný obraz rodičov. Napriek učeniu sa Harry nedokáže Voldemorta z hlavy úplne vytlačiť. Po čase má víziu, že Voldemort mučí Siriusa na Ministerstve mágie. Presvedčený, že jeho krstný otec je v nebezpečenstve, uteká do Londýna spolu s Ron, Hermionou, Ginny, Lunou a Nevillem.
Na Ministerstve v Oddelení záhad však zisťujú, že išlo o pascu. Smrťožrúti ich čakajú, aby Harry vytiahol záznam veštby, ktorú nemôže zobrať nikto iný, len osoba, ktorej sa týka. Nastáva dramatická bitka, v ktorej sa študenti statočne bránia, no sú zranení. Na pomoc prichádzajú členovia Fénixovho rádu. V chaose boja sa objavuje Bellatrix Lestrangeová, ktorá smrteľne zasiahne Siriusa. Ten padá cez záhadný oblúk smrti a navždy zmizne. Harry je otrasený, zrútený a plný hnevu, pokúsi sa Bellatrix napadnúť a vyčarovať na ňu Cruciatus, no kúzlo sa mu podarí len čiastočne. V tom momente sa objaví aj samotný Voldemort a Harry čelí smrti. Zachráni ho však Dumbledore, ktorý s Voldemortom bojuje. Keď sa objavia pracovníci Ministerstva a vidia Voldemorta na vlastné oči, už ho nikto nemôže popierať. Pravda o jeho návrate konečne vychádza najavo.
Po návrate do Rokfortu sa Dumbledore konečne rozhodne otvorene porozprávať s Harrym. Vysvetlí mu, prečo ho držal bokom – chcel ho ochrániť pred ťažkou pravdou. Rozpráva mu o veštbe, ktorú chcel Voldemort získať. Proroctvo, ktoré predpovedalo, že „jeden musí zomrieť rukou druhého, lebo ani jeden nemôže žiť, kým druhý prežíva“, sa týka práve Harryho. Dumbledore prezradí, že Voldemort si Harryho sám vybral ako svojho protivníka, a tým spečatil ich osud. Harry nesie ťažobu tohto poznania – musí raz zabiť Voldemorta, inak zomrie on.
Záverečné dni v Rokforte sú poznačené smútkom zo Siriusovej smrti, no zároveň prichádza isté uvoľnenie – Ministerstvo konečne priznáva návrat Temného pána, Umbridgeová je zosadená a Dumbledore opäť vedie školu. Harry síce opäť odchádza k Dursleyovcom, no tentoraz s vedomím, že má okolo seba ľudí, ktorí stoja pri ňom, a že raz sa vráti späť, aby čelil svojmu osudu.