Príbeh začína, keď Harry Potter, Ron Weasley a Hermiona Grangerová sa vracajú do Rokfortu po letných prázdninách. Čoskoro sa však na škole začnú diať zvláštne veci: študenti sú napádaní podivným stvorením a kreslia sa na stene zlovestné nápisy, ktoré naznačujú návrat legendárnej Tajomnej komnaty. Harryho a jeho priateľov zasiahne toto tajomstvo, keď sa Ginny Weasley, sestra Ronova, stane ďalšou . Spolu s Ronom a Hermionou sa Harry rozhodne vyšetriť, čo sa v škole deje, a nájsť Tajomnú komnatu, ktorá je spojená s legendou o Harmančekovi z Tajomnej komnaty, zakladateľovi Rokfortu. Počas svojho pátrania Harry objaví dielo tajomného kniežaťa, ktorý mu poskytuje kúzla. Postupne sa priblíži k odhaleniu skutočného pôvodcu útokov, ktorým je Tom Marvolo Riddle, známy ako Lord Voldemort. Ukáže sa, že Tom Marvolo Riddle je mladým Voldemortom, ktorý bol kedysi žiakom v Rokforte a ovládal Tajomnú komnatu pomocou svojho vlastného zvieracieho spoločníka, Baziliška. Harry sa vydáva do Tajomnej komnaty, aby zachránil Ginny a zastavil Voldemortovo dielo. S pomocou Fénixa menom Fawkes a meča Godrikova Gryffindora porazí Baziliška a zničí zub z hada, ktorým bol Voldemortov denník, a tým zastaví jeho zlý plán oživiť sa.
