Príbeh začína, keď Harry Potter, Ron Weasley a Hermiona Grangerová sa vracajú do Rokfortu po letných prázdninách. Čoskoro sa však na škole začnú diať divné veci: študenti sú napadaní podivným stvorením a kreslia sa na stene hrôzostrašné nápisy, ktoré naznačujú návrat legendárnej Tajomnej komnaty. Harryho a jeho priateľov zasiahne toto tajomstvo, keď sa Ginny Weasley, stane ďalšou. Spolu s Ronom a Hermionou sa Harry rozhodne vyšetriť, čo sa v škole deje, a nájsť Tajomnú komnatu, ktorá je spojená s legendou o Harmančekovi z Tajomnej komnaty, zakladateľovi Rokfortu. Postupne sa priblíži k odhaleniu skutočného pôvodcu útokov, ktorým je Tom Marvolo Riddle, známy ako Lord Voldemort. Ukáže sa, že bol kedysi žiakom v Rokforte a ovládal Tajomnú komnatu pomocou svojho vlastného zvieracieho kamaráta, Baziliška. Harry sa vydáva do Tajomnej komnaty, aby zachránil Ginny a zastavil Voldemortove dielo.