V treťom diely sa Harry vracia do Rokfortu s vedomím, že z väzenia Azkaban utiekol nebezpečný čarodejník Sirius Black, o ktorom si všetci myslia, že zradil jeho rodičov Voldemortovi. Školu strážia temní Dementori, ktorí vysávajú šťastie a na Harryho majú silný vplyv. Harry sa učí obranné kúzlo Patronus, aby sa pred nimi chránil, s pomocou nového učiteľa Remusa Lupina, ktorý sa stane jeho obľúbencom.
Počas školského roka sa Harry dozvedá viac o minulosti svojich rodičov a ich priateľoch – Lupinovi, Siriusovi, Pettigrewovi a Snapeovi. Nakoniec zistí pravdu: Sirius je v skutočnosti jeho krstný otec a nebol zradca – skutočný zradca je Peter Pettigrew, ktorý sa celé roky skrýval ako Ronov potkan.
Po dramatických udalostiach a premene Lupina na vlkolaka sa Harry a Hermiona vrátia v čase pomocou Časuotáča, aby zachránili Siriusa aj čarovnú bytosť Hrdozobca pred popravou. Napriek ich úsiliu Sirius musí utiecť a zostáva v úkryte. Príbeh sa končí nádejou, že Harry už nie je úplne sám – má niekoho, kto mu nahrádza rodinu.