Harry Potter vracia na Rokfort aj napriek varovaniam domáceho škriatka Dobbyho, ktorý ho prosí, aby tam nešiel, lebo hrozí veľké nebezpečenstvo. Po neplánovanom a dobrodružnom príchode do školy sa začínajú diať zvláštne veci – študenti a iné bytosti sú nájdení skamenení.
Harry zistí, že existuje legenda o Tajomnej komnate, ktorú môže otvoriť len dedič Salazara Slizolina. V komnate sa údajne nachádza príšera, ktorá má moc zabíjať. Keď podozrenie padne na Harryho, pretože rozumie hadom (má dar nazývaný parselčina), rozhodne sa spolu s Ronom a Hermionou odhaliť pravdu.
Hermiona je však tiež skamenená, a tak sa chlapci musia spoľahnúť na stopy, ktoré im zanechala. Zistia, že príšerou je bazilisk – obrovský had, ktorý zabíja pohľadom – a že sa skrýva v Tajomnej komnate pod školou.
Ginny Weasleyová, Ronova sestra, zmizne – je unesená do komnaty. Harry sa tam vydá, stretne Toma Riddla, ktorý je v skutočnosti mladou podobou Voldemorta. Riddle ovládal Ginny cez čarovný denník.
S pomocou Fawkesa, Dumbledorovho fénixa, a Chrabromilovho meča Harry porazí baziliska a zničí denník, čím zachráni Ginny a zničí časť Voldemortovej duše