V treťom diele sa Harry vracia na Rokfort s informáciou, že z čarodejníckeho väzenia Azkaban utiekol nebezpečný čarodejník Sirius Black. Všetci veria, že je zradcom, ktorý prezradil Harryho rodičov Voldemortovi. Ministerstvo má strach, že Sirius sa teraz snaží dostať k Harrymu.
Školu strážia strašidelní dementori, bytosti, ktoré vysávajú šťastie. Harry na nich reaguje veľmi zle a musí sa naučiť obranné kúzlo – Patronus. Učí ho nový profesor obrany proti čiernej mágii, Remus Lupin, ktorý sa stane Harrymu blízkym.
Postupne Harry zistí, že nič nie je také, ako sa zdá – Sirius Black je v skutočnosti jeho krstný otec a nebol zradcom. Skutočným vinníkom je Peter Pettigrew, ktorý sa celé roky skrýval v podobe Rónovej krysy.
V závere knihy Harry a Hermiona použijú časovrat (čarovný predmet na cestovanie v čase), aby zachránili Siriusa aj Hippogrifa Hrdozobca. Napriek tomu, že Sirius musí ujsť a zostať v utajení, Harry je šťastný, že má niekoho, kto mu je ako rodina.