Príbeh sa začína vo chvíli, keď sa tínedžer Thomas prebudí vo výťahu . Nepamätá si nič okrem svojho mena. Keď sa Klietka otvorí, ocitne sa na Fleku v rozľahlom otvorenom priestranstve obklopenom gigantickými kamennými stenami. Na Fleku žije komunita chlapcov ktorí si tu vytvorili vlastný systém pravidiel a poriadok. Za stenami sa nachádza Labyrint, ktorý sa každú noc mení a v ktorom žijú Rmuti sú to desivé biomechanické príšery. Thomas sa dozvedá, že chlapci sú v Labyrintre uväznení už dva roky a márne hľadajú cestu von. Každý mesiac príde klietkou jeden nový chlapec a zásoby. Deň po Thomasovi však Klietka prinesie niečo nečakané, dievča v bezvedomí s odkazom, že ona je posledná . Thomas cíti silné nutkanie stať sa bežcom ,jedným z vyvolených, ktorí každý deň vybiehajú do Labyrintu a mapujú ho. Jeho zvedavosť a odvaha však vyvolávajú napätie, najmä u agresívneho Gallyho. Zlom nastáva, keď sa Thomas rozhodne porušiť hlavné pravidlo a vbehne do Labyrintu, aby pomohol zranenému Albymu a Minhovi tesne predtým, ako sa brány na noc zatvoria. Nikto predtým noc v Labyrinte neprežil. Thomasovi sa však vďaka vynaliezavosti podarí prekabátiť Rmutov a zachrániť seba aj ostatných. Po tomto čine sa stáva bežcom. Spolu s Minhom zistia, že pohyby stien Labyrintu nie sú náhodné, ale tvoria kód. Situácia na Fleku sa však zhoršuje, slnko zmizne, obloha zošedne a brány Labyrintu sa na noc prestanú zatvárať, čo znamená, že Rmuti môžu v noci útočiť priamo na chlapcov. Thomas si uvedomí, že jediný spôsob, ako získať stratené spomienky a nájsť cestu von, je nechať sa bodnúť Rmutom a prejsť premenou. Po tomto nebezpečnom procese zistí, že Labyrint je len testom organizácie Z.L.O.S. Chlapci sa rozhodnú pre riskantný útok. Prebojujú sa cez hniezdo Rmutov k počítačovému terminálu, kde zadajú kód získaný z mapovania Labyrintu. Po krvavom boji, v ktorom zahynie mnoho chlapcov vrátane Thomasovho blízkeho priateľa Chucka, sa im podarí otvoriť únikový východ. Ocitnú sa v laboratóriu, kde sa stretávajú s vedcami. Zisťujú, že svet vonku bol zničený slnečnými erupciami a smrteľným vírusom. Dozvedia sa, že ich boj v Labyrinte bol len fázou 1 rozsiahleho experimentu na hľadanie lieku. Hoci si myslia, že sú zachránení no príbeh naznačuje že ich skúšky sa práve začali.
