Malý princ opustí svoju planétu a začne putovať po vesmíre. Na svojej ceste navštívi rôzne planéty, na ktorých stretáva rôzne postavy – každá z nich symbolizuje určité ľudské vlastnosti alebo spoločenské problémy. Medzi týmito postavami sú kráľ, ktorý sa snaží vládnuť všetkému; pijan, ktorý pije na zabudnutie svojej hanby; biznismen, ktorý sa stále počíta s hviezdami; lampár, ktorý nekonečne zapína a vypína lampu, a ďalší. Každý z týchto ľudí je zobrazený ako niekto, kto je uzavretý vo svojej vlastnej bubline, nevidí širší svet a jeho problémy sú často absurditou.
Počas svojej cesty Malý princ stretne aj líšku, ktorá mu vysvetlí dôležitosť vzťahov a toho, že „to, čo je dôležité, je neviditeľné pre oči“. Láska a priateľstvo sú veci, ktoré sa nedajú jednoducho pochopiť alebo zmerať.
Príbeh sa odohráva aj na Zemi, kde Malý princ stretne pilota, ktorý havaroval na púšti. Spolu strávia čas, a Malý princ rozpráva pilotovi o svojich zážitkoch a o svojej láske k ruži. Spočiatku sa zdá, že ruža je len jednou z mnohých, ale Malý princ si uvedomí, že je výnimočná, pretože sa o ňu staral a zaviazal sa k nej.
Príbeh sa končí tragicky – Malý princ opustí Zem, aby sa vrátil na svoju planétu, no pred tým, než odíde, dá pilotovi dôležitú lekciu o láske, zodpovednosti a vnímaní sveta očami dieťaťa.