Príbeh začína rozprávačom – pilotom, ktorý havaruje na púšti. Tam stretne zvláštneho chlapca, Malého princa. Ten ho požiada, aby mu nakreslil ovečku, a postupne mu začne rozprávať svoj príbeh.
Malý princ pochádza z malej planéty B-612, kde sa staral o tri sopky a jednu ružu. Ruža bola veľmi krásna, ale aj pyšná a náročná, čo Malého princa zmiatlo. Nevedel, ako jej prejaviť lásku, a preto sa rozhodol odísť a spoznávať vesmír.
Na svojej ceste navštívil viacero planét, na ktorých stretol zvláštnych dospelých:
Na prvej planéte žil kráľ, ktorý chcel vládnuť nad všetkým, aj keď nemal žiadnych poddaných. Predstavuje túžbu po moci.
Na druhej planéte stretol márnivca, ktorý túžil len po obdive a uznaní od iných.
Na tretej planéte bol pijan, ktorý pil, aby zabudol, že sa hanbí za to, že pije – začarovaný kruh.
Na štvrtej planéte bol biznismen, ktorý stále počítal hviezdy a myslel si, že ich vlastní. Predstavuje chamtivosť a posadnutosť majetkom.
Na piatej planéte žil lampár, ktorý neustále zapaľoval a zhasínal lampu podľa príkazov, aj keď už nedávali zmysel. Malý princ ho považoval za jediného rozumného, pretože myslel aj na niečo iné než na seba.
Na šiestej planéte bol geograf, ktorý zapisoval poznatky o svete, ale nikdy nič sám nepreskúmal. Ten Malému princovi odporučil navštíviť Zem.
Na siedmej planéte, ktorou bola Zem, Malý princ stretne hada, ktorý naznačí, že mu môže pomôcť vrátiť sa domov. Neskôr stretne líšku, ktorá ho naučí dôležité veci o priateľstve a zodpovednosti. Vysvetlí mu, že keď si niekoho „skrotíme“, vytvoríme si k nemu jedinečný vzťah. Práve vďaka líške si Malý princ uvedomí, že jeho ruža je pre neho výnimočná, pretože sa o ňu staral a miloval ju.
Pilot sa medzitým snaží opraviť svoje lietadlo a postupne si k Malému princovi vytvára silné puto. Nakoniec sa Malý princ rozhodne vrátiť na svoju planétu k ruži. Urobí to tak, že sa nechá uštipnúť hadom – jeho telo zostane na Zemi, ale jeho „duša“ sa vráti domov.
Príbeh končí tým, že pilot odletí späť, ale nikdy nezabudne na Malého princa. Čitateľovi necháva otázku, či sa princ naozaj vrátil na svoju planétu.