Rozprávač príbehu sa predstaví ako muž, ktorý sa v detstve naučil, že dospelým chýba fantázia a porozumenie. Teraz je pilotom, ktorý havaroval v púšti. Stretne malého chlapca, ktorý ho požiada o kresbu ovečky, a rozprávač mu vyhovie. Rozprávač, ktorý dieťa nazýva malý princ, sa dozvie, že chlapec pochádza z veľmi malej planéty, asteroid B-612. V priebehu nasledujúcich dní malý princ rozpráva rozprávačovi o svojom živote. Na svojej asteroidovej planéte, ktorá nie je väčšia ako dom, princ trávi čas zbieraním sadeníc baobabov, aby nevyrástli dostatočne veľké na to, aby pohltili malú planétu. Jedného dňa vyrastie na planéte ruža a princ ju miluje celým svojím srdcom. Jej márnomyseľnosť a požiadavky sa však pre princa ťažké, a tak odíde.
Princ cestuje k sérii asteroidov, z ktorých každý predstavuje dospelého, ktorý bol zredukovaný na funkciu. Prvým je kráľ, ktorý vyžaduje poslušnosť, ale až do príchodu princa nemá poddaných. Jediným obyvateľom ďalšej planéty je namyslený muž, ktorý od princa nechce nič iné ako lichôtky. Princ následne stretne opilca, ktorý mu vysvetlí, že musí piť, aby zabudol, ako sa hanbí, že pije. Štvrtá planéta predstaví princa obchodníkovi, ktorý tvrdí, že vlastní hviezdy, a preto je veľmi dôležité, aby presne vedel, koľko hviezd je. Princ sa potom stretne s lampárom, ktorý sa riadi príkazmi, ktoré od neho vyžadujú, aby každý večer zapálil lampu a každé ráno ju zhasol, aj keď sa jeho planéta točí tak rýchlo, že súmrak a úsvit nastanú raz za minútu. Nakoniec princ prichádza na planétu obývanú geografom. Geograf však nevie nič o svojej vlastnej planéte, pretože jeho jedinou úlohou je zaznamenávať, čo sa dozvie od prieskumníkov. Požiada princa, aby opísal svoju domovskú planétu, ale keď princ spomenie kvetinu, geograf povie, že kvety nie sú zaznamenané, pretože sú pominuteľné. Geograf odporúča, aby malý princ navštívil Zem.
Na Zemi princ stretne hada, ktorý mu povie, že ho môže vrátiť domov, a kvetinu, ktorá mu povie, že ľuďom chýbajú korene. Narazí na ružovú záhradu a veľmi ho deprimuje zistenie, že jeho milovaná ruža nie je, ako tvrdila, jedinečná vo vesmíre. Líška mu potom povie, že ak si líšku skrotí – teda nadviaže s ňou vzťahy –, budú jedinečné a budú si navzájom zdrojom radosti. Rozprávač a malý princ strávili osem dní v púšti a došla im voda. Obaja potom prechádzajú púšťou a hľadajú studňu, ktorú zázračne nájdu. Malý princ povie rozprávačovi, že sa v tú noc plánuje vrátiť na svoju planétu a že hviezdy budú pre rozprávača hodnotné, lebo bude vedieť, že na jednej z nich žije jeho priateľ. Návrat na jeho planétu si vyžaduje, aby ho jedovatý had uštipol. Príbeh pokračuje o šesť rokov neskôr. Rozprávač hovorí, že princovo telo bolo ráno nezvestné, takže vie, že sa vrátil na svoju planétu, a pýta sa, či ovečka, ktorú mu nakreslil, nezožrala jeho ružu. Skončí s tým, že čitateľa prosí, aby ho kontaktoval, ak niekedy zbadajú malého princa.