Po smrti Boromira sa Frodo a Sam vydávajú sami do Mordoru, pričom ich začne sledovať zákerný Glum. Ten ich nakoniec dovedie cez nebezpečné územia a sľúbi im pomoc, no v skutočnosti má vlastné plány, ako získať Prsteň pre seba.
Medzitým Aragorn, Legolas a Gimli prenasledujú skupinu orkov, ktorí uniesli hobitov Smieška a Pipina. Tí však uniknú a nájdu útočisko u stromov v lese Fangorn, kde sa stretnú so Stromovousom, vodcom entov – starobylých bytostí pripomínajúcich stromy. Enti sa rozhodnú pomstiť Sarumanovi a zaútočiť na jeho pevnosť Orthank v Železnom pase.
Aragorn, Legolas a Gimli prichádzajú do kráľovstva Rohan, ktoré ohrozuje Sarumanova armáda. Kráľ Théoden sa prebudí z temnej manipulácie svojho radcu Grímu Červojazyčného a pripraví sa na boj. Nasleduje epická bitka o Helmov žľab, kde vojská Rohanu, s pomocou elfov a na poslednú chvíľu aj Gandalfa s posilami, porazia Sarumanovu armádu.
Na záver sa Frodo a Sam dostanú do blízkosti Mordoru, no Glum ich zradí a zavedie do jaskyne obrovskej pavúčice Oduly. Frodo je zdanlivo usmrtený jej jedom, no Sam ho zachráni a pokračuje v ich misii.
Príbeh končí s narastajúcim nebezpečenstvom a blížiacim sa vyvrcholením vojny proti Sauronovi, pripravujúc pôdu pre finále v **Návrate kráľa**.