Hlavnou témou románu je večný konflikt medzi iluzórnymi predstavami a krutou realitou. Román je dobre napísaný z hľadiska bohatej slovnej zásoby, ale ako čitateľa, zhýčkaného románmi Huga, Dostojevského, Dumasa, ma Pani Bovaryová neoslovila. Pán Flaubert dal Emme infantilnosť, sklon k dramatizácii, vlastnosti, ktoré čitateľa iritujú, takže nebolo možné s hrdinkou sympatizovať.
Spisovateľ vo svojom diele zobrazil idealizovanú lásku, lásku, ktorá sa javí ako falošný obraz.
V prípade Pani Bovaryovej spočíva jej tragédia v obmedzenosti jej intelektu a v nesprávnom chápaní lásky. Pani Bovaryovú zaujímali fyzické prejavy lásky, rovnako ako túžila po pompéznosti, krásnych slovách a gestách. Emma, obklopená skutočnou láskou v celej jej kráse, túžila po láske idealizovanej a prekrútenej knihami.
V mnohých ohľadoch je tu badateľná podobnosť s príbehom Anny Kareniny od L. N. Tolstého. Začína sa nespokojnosťou s rutinným manželstvom a manželom, ktorý nezodpovedá romantickým ideálom dievčaťa, a končí sa tým, že žena odsúdená spoločnosťou, nikým nepochopená, spácha samovraždu.