V druhom diele sa Harry Potter vracia do Rokfortu, kde niekto začne útočiť na študentov a meniť ich na kameň. Podľa legendy za tým stojí dedič zakladateľa školy, ktorý otvoril mýtickú Tajomnú komnatu a vypustil z nej vraždiace monštrum.
Harry, Ron a Hermiona sa snažia prísť na to, kto je útočníkom, pričom stopy vedú k záhadnému denníku Toma Riddla. V dramatickom finále musí Harry v podzemí školy čeliť obrovskému baziliskovi, aby zachránil Ginny Weasleyovú a zabránil návratu temnej sily.
