Thomas sa prebudí v obrovskom, uzavretom labyrinte bez spomienok na svoj predchádzajúci život. Zistí, že nie je sám – labyrint je domovom mladých chlapcov, ktorí sa snažia prežiť a nájsť cestu von.
Každý deň sa skupina “bežcov” odváži do labyrintu skúmať jeho nebezpečné chodby, plné pascí a tajomných stvorení, známych ako Grieveri. Thomas postupne zisťuje, že labyrint je oveľa viac než len fyzická výzva – je to experiment tajomnej organizácie a on sám môže byť kľúčom k jeho odhaleniu.
