Príbeh rozpráva o chlapcovi menom Harry Potter, ktorý žije u svojich nepríjemných príbuzných a netuší, že je čarodejník. Na svoje jedenáste narodeniny sa dozvie pravdu o svojom pôvode – jeho rodičia boli čarodejníci a zahynuli pri stretnutí s mocným zlým čarodejníkom Lordom Voldemortom. Harry je pozvaný študovať na Rokfortskú strednú školu čarodejnícku.
V škole si nájde dvoch najlepších priateľov – Rona a Hermionu. Spolu objavujú tajomstvá školy, učia sa kúzla a zažívajú rôzne dobrodružstvá. Harry sa postupne dozvedá viac o svojej minulosti a o tom, prečo je v čarodejníckom svete taký známy.
Počas roka narazia na záhadu Kameňa mudrcov, ktorý dokáže darovať nesmrteľnosť. Zistia, že sa ho niekto snaží ukradnúť. Harry a jeho priatelia sa rozhodnú zasiahnuť a prekonať rôzne prekážky, aby kameň ochránili. Nakoniec Harry zistí, že za všetkým stojí profesor Quirrell, ktorého ovláda Voldemort.
Harry dokáže kameň ochrániť a zabrániť Voldemortovi v návrate. Na konci školského roka sa vracia späť k príbuzným, ale už vie, že patrí do čarodejníckeho sveta a čakajú ho ďalšie dobrodružstvá.