Príbeh rozpráva pilot, ktorý havaruje so svojím lietadlom na púšti Sahara. Zostane tam sám, bez pomoci, a snaží sa opraviť lietadlo, aby prežil. Jedného dňa ho prekvapí malý chlapec – Malý princ, ktorý ho požiada, aby mu nakreslil ovečku. Tak sa začína ich zvláštne priateľstvo. Postupne Malý princ rozpráva pilotovi o svojej planéte, maličkom asteroide B-612, kde žil sám. Staral sa tam o sopky a chránil svoju planétu pred baobabmi, ktoré by ju mohli zničiť. Najdôležitejšou bytosťou v jeho živote bola ruža, ktorú miloval. Ruža však bola pyšná a náladová, a Malý princ jej nerozumel. Preto sa rozhodol odísť a spoznať vesmír. Na svojej ceste navštívil niekoľko malých planét, na ktorých stretol rôznych dospelých ľudí. Každý z nich predstavoval nejakú ľudskú vlastnosť alebo chybu: kráľ, ktorý chcel vládnuť, aj keď nemal komu, namyslený človek túžiaci po obdive, pijan, ktorý pil, aby zabudol na hanbu z pitia, biznismen, ktorý počítal hviezdy a myslel si, že ich vlastní, lampár, ktorý slepo plnil rozkazy a geograf, ktorý zapisoval fakty, ale nikdy nič nezažil. Tieto stretnutia ukazujú, akí zvláštni a nepochopiteľní sú dospelí. Napokon Malý princ prichádza na Zem. Tu stretáva líšku, ktorá ho naučí dôležitú životnú pravdu, že skutočné hodnoty nie sú viditeľné očami, ale srdcom. Líška mu vysvetlí význam priateľstva a „skrotenia“, teda vytvorenia vzťahu. Malý princ si uvedomí, že jeho ruža je pre neho jedinečná práve preto, že sa o ňu staral a miloval ju. Stretáva aj hada, ktorý symbolizuje smrť a návrat domov. Postupne Malý princ začína túžiť vrátiť sa na svoju planétu a k svojej ruži. Medzitým sa prehlbuje jeho priateľstvo s pilotom. Spolu prežívajú chvíle v púšti, hľadajú vodu a rozprávajú sa o živote. Pilot si vďaka Malému princovi uvedomuje, že svet treba vnímať srdcom, nie len rozumom.
Na konci sa Malý princ rozhodne vrátiť na svoju planétu. Nechá sa uštipnúť hadom, aby opustil svoje telo a mohol sa vrátiť k ruži. Pilot zostáva sám, no nikdy na Malého princa nezabudne. Uvedomuje si, že aj keď ho už nevidí, jeho priateľstvo a spomienky zostávajú živé.
