Chlapec v pásikavom pyžame je príbeh osemročného chlapca Bruna, ktorý na začiatku žije v Berlíne vo veľkom a pohodlnom dome spolu so svojími rodičmi, staršou sestrou a služobníctvom. Jeho otec je dôstojník, ktorý dostane nové pracovné miesto veliteľa, a preto sa celá rodina musí presťahovať na odľahlé miesto v blízkosti koncentračného tábora Auschwitz. Tento presun znamená pre Bruna veľa. Musí opustiť svojich troch najlepších kamarátov aj známe prostredie. Nový dom je oproti Berlínu chladný, prázdny a pôsobí nehostinne. Bruno sa tam cíti osamelo a nudí sa, pretože nemá s kým tráviť čas. Jediné, čo ho zaujme, je pohľad z okna na dlhý plot z ostnatého drôtu, za ktorým vidí množstvo ľudí oblečených v pásikavých pyžamách. Bruno si myslí, že ide o nejakú zvláštnu farmu alebo dedinu, a nechápe skutočný význam toho miesta. Počas jedného zo svojich prieskumov lesa v okolí domu sa dostane až k plotu, kde stretne chlapca menom Šmuel, ktorý sedí na druhej strane. Šmuel mu rozpráva o tom, ako ho spolu s rodinou odviedli z domu do tábora. Medzi chlapcami sa postupne vytvára priateľstvo, aj keď ich oddeľuje plot a úplne odlišné životné podmienky. Bruno Šmuelovi nosí jedlo, pretože si všimne, že je často hladný. Ich rozhovory sú plné nedorozumení, keďže Bruno nedokáže pochopiť, prečo Šmuel nemôže odísť domov ani prečo sú ľudia za plotom takí smutní a vyčerpaní. V Brunovom dome pracujú aj ľudia z tábora, napríklad Pavel, ktorý bol kedysi lekárom, no teraz musí vykonávať podradnú prácu sluhu. Bruno si s ním vytvorí dobrý vzťah, najmä keď ho Pavel ošetrí po páde z hojdačky na dvore. Bruno však nechápe, kde sa Pavel naučil liečiť, a myslí si, že bol vždy len sluhom. Naopak Bruno neznáša poručníka Kotlera, je hrubý, bezcitný a násilný k služobníctvu aj väzňom. Na rozdiel od jeho sestry Gretel ktorá sa do Kotlera zaľúbi. Príbeh vrcholí keď Šmuel hovorí Brunovi, že jeho otec zmizol. Bruno sa rozhodne pomôcť mu ho nájsť, a preto podlezie plot a oblečie si pásikavé oblečenie, aby zapadol medzi ostatných väzňov. Spolu sa ocitnú v skupine ľudí, ktorých nahnajú do uzavretej budovy. Netušia však že ide o plynovú komoru. Zomierajú spolu s mnohými ďaľšími väzňami.
