Dej Duny začína, keď za mladým Paulom Atreidom príde matka predstavená zo sesterstva Bene Gesserit, aby otestovala jeho vôľu a schopnosti. Paul je totiž členom tisícky rokov starého experimentu, v ktorom sa mníšky snažia vykrížiť človeka s ideálnymi vlastnosťami mysle – Kwisatza Haderacha. Z Caladanu, planéty plnej vody, je Paul nútený sa s celou rodinou presťahovať na púštnu planétu Arrakis, aby tam dozerali na ťažbu jedinečného korenia. Atreidovci začnú nový domov spoznávať, dozvedia sa o hrozivých červoch, aj o nezlomných domorodcoch – Fremenoch. V paláci ale čelia rôznym intrigám. To vyústi do únosu vojvodu Leta Atreida a prevzatia planéty nepriateľskými Harkonennovcami. Paul a jeho matka Jessica sa zachránia letom na ornitoptére, ktorá ich zanesie do ďalekej púšte. Najprv sa naučia v púšti prežiť a nevyprovokovať červy, potom sa pridajú do kmeňa Fremenov, kde sa Paul zaľúbi do Chani. Onedlho prvýkrát zabije a príjme meno Muad Dib. Z korenia v miestnej strave začne mať zvláštne vízie, ktoré mu ukážu rôzne verzie budúcnosti. Miestni ho vyhlásia za proroka a onedlho začína organizovať fremenský odboj proti Harkonennovcom. V snahe ovládnuť celú planétu útočia Harkonnenovské jednotky na fremenské sídla. Proti Atreidovcom a Fremenom sa postaví aj imperátor padišách, ktorý okolo Arrakisu zhromaždí veľkú bojovú flotilu. Ich postup však zastaví Paul, ktorý sa vyhráža, že zničí jediný zdroj korenia vo vesmíre. To odradí mnohých kapitánov, ktorí sú na korení závislí, a na povrch pristane iba niekoľko lodí vrátane imperátorovej. Fremeni však na lode zaútočia a cisára zajmú. Paul sa stáva imperátorom a vládne vesmíru tak, aby sa vyhol najhorším verziám budúcnosti.
