Po návrate Lorda Voldemorta sa Harry cíti izolovaný, pretože Ministerstvo mágie na čele s Korneliusom Fudgeom odmieta uznať pravdu a cez noviny Prorok z neho a Dumbledora robí klamárov a bláznov. Aby sa čarodejnícky svet mohol brániť, je obnovený Fénixov rád – tajný spolok bojovníkov vedený Dumbledorom, ktorý sídli v rodnom dome Siriusa Blacka.
Na Rokfort prichádza nová učiteľka obrany proti čiernej mágii, tyranská Dolores Umbridgeová, ktorá zastupuje ministerstvo. Odmieta študentov učiť praktické kúzla a postupne zavádza prísne režimové opatrenia, čím preberá moc nad školou. Harry sa preto s pomocou Hermiony a Rona rozhodne založiť tajný krúžok s názvom Dumbledorova armáda, kde v Komnate najvyššej potreby tajne vyučuje spolužiakov bojové kúzla a obranu. Harryho však trápia aj čudné sny a vízie, ktoré ho prepájajú s mysľou Voldemorta, čo ho Dumbledore núti potláčať pomocou hodín oklumencie u profesora Snapa.
Napätie vrcholí, keď má Harry víziu, v ktorej Voldemort v priestoroch ministerstva mučí Siriusa. Napriek varovaniam sa Harry so svojimi priateľmi vydáva na Ministerstvo mágie, aby krstného otca zachránil. Tam však zisťujú, že išlo o pascu. Voldemort potreboval, aby Harry z Oddelenia záhad vyzdvihol veštbu, ktorá sa týka ich spoločného osudu. V podzemí ministerstva vypukne prudká bitka medzi študentmi a Smrťožrútmi, do ktorej v poslednej chvíli zasiahne Fénixov rád. Počas súboja však dôjde k tragédii, keď Sirius Black zomiera rukou svojej sesternice Bellatrix Lestrangeovej.
V závere sa v hale ministerstva objaví samotný Voldemort a po veľkolepom súboji s Dumbledorom je jeho prítomnosť konečne potvrdená aj pred očami ministra a verejnosti. Harry sa od Dumbledora dozvedá celé znenie veštby, podľa ktorej jeden z nich musí zomrieť rukou toho druhého, pretože ani jeden nemôže žiť, kým je ten druhý nažive. Harry sa vracia k Dursleyovcom zlomený stratou Siriusa, no s vedomím, že otvorená vojna v čarodejníckom svete sa práve začala.
