Príbeh sa začína predstavením chlapca menom Harry Potter, ktorý žije u svojich nepríjemných príbuzných – Dursleyovcov. Tí sa k nemu správajú zle a snažia sa potlačiť všetko, čo je na ňom zvláštne. Harry totiž od malička zažíva nevysvetliteľné veci, no netuší prečo. Všetko sa zmení v deň jeho jedenástych narodenín, keď dostane list z Rokfortskej školy čarodejníctva a kúzelníctva.
Aj keď sa jeho teta a strýko snažia zabrániť tomu, aby sa o škole dozvedel viac, nakoniec si ho nájde obor Hagrid, ktorý Harrymu vysvetlí pravdu o jeho minulosti. Harry zistí, že je čarodejník a ,že jeho rodičia nezomreli pri obyčajnej nehode, ale boli zabití temným čarodejníkom Lordom Voldemortom. Ten sa pokúsil zabiť aj malého Harryho, no z neznámeho dôvodu sa mu to nepodarilo.
Harry sa dostáva do Rokfortu, kde si rýchlo nájde priateľov Rona a Hermionu. Spolu zažívajú prvé dobrodružstvá, učia sa kúzla a objavujú tajomstvá školy. Harry zároveň zisťuje, že je v čarodejníckom svete slávny, čo mu nie je vždy príjemné.
Počas školského roka sa trojica dostane k podozreniu, že v škole je ukrytý Kameň mudrcov – vzácny predmet, ktorý dokáže zabezpečiť nesmrteľnosť. Postupne začnú veriť, že sa ho niekto snaží ukradnúť. Ich podozrenie padne na profesora Snapea, ktorý sa im zdá podozrivý.
Nakoniec sa rozhodnú konať a vydajú sa Kameň ochrániť. Prekonávajú rôzne prekážky a skúšky, ktoré strážia cestu k nemu. Harry sa napokon dostane až k samotnému Kameňu, kde zistí, že za všetkým stojí profesor Quirrell, ktorý je ovládaný oslabeným Voldemortom. Ten sa snaží získať späť svoju moc. Harrymu sa podarí Quirrella poraziť a ochrániť Kameň, ktorý je následne zničený, aby nemohol byť zneužitý. Školský rok sa končí a Harry sa vracia späť k Dursleyovcom, no tentoraz už vie, kam patrí a že má skutočných priateľov.
