Harry Potter sa po náročnom lete u Dursleyovcov vracia do druhého ročníka na Rokforte, hoci ho pred tým varuje domáci škriatok Dobby. Dobby tvrdí, že Harrymu v škole hrozí smrteľné nebezpečenstvo, a snaží sa mu v návrate zabrániť všetkými možnými spôsobmi. Napriek varovaniam Harry do školy dorazí, no čoskoro sa na hrade začnú diať nevysvetliteľné a desivé veci. Niekto na steny píše krvavé nápisy o tom, že Tajomná komnata bola znovu otvorená a „dedič“ sa vrátil, aby očistil školu od študentov z muklovských rodín.
Školou sa šíri strach, pretože niekoľko študentov, vrátane Hermiony, nájdu skamenených. Harry navyše zistí, že rozumie hadiemu jazyku, čo je vzácna schopnosť, ktorou disponoval aj samotný Salazar Slizolin, a preto ho mnohí podozrievajú, že práve on je hľadaným dedičom. Situácia sa vyostrí, keď je do komnaty unesená Ronova sestra Ginny. Harry a Ron sa s pomocou informácií od plačúcej Myrtly a starého denníka, ktorý patril bývalému študentovi Tomovi Riddlovi, vydávajú do hlbín podzemia, aby ju zachránili.
V Tajomnej komnate Harry zisťuje, že dedičom nie je on, ale Tom Riddle, ktorý je v skutočnosti mladou spomienkou na Lorda Voldemorta. Riddle ovládal Ginny cez svoj denník a vypustil na študentov obrovského hada – baziliska. Harrymu sa v kritickej chvíli podarí s pomocou Félixa, fénixa profesora Dumbledora, a Chrabromilovho meča baziliska zabiť. Jedným z jeho jedovatých zubov následne prebodne denník, čím zničí Riddlovu spomienku a zachráni Ginny. Na konci školského roka sa všetci skamenení uzdravia a Harrymu sa podarí šikovným trikom oslobodiť škriatka Dobbyho z rúk krutého Luciusa Malfoya.
