Harry Potter sa po prvom roku v Rokforte vracia späť do školy mágie, kde ho čakajú nové dobrodružstvá, ale aj varovania. Už na začiatku ho varuje domáci škriatok Dobby, že návrat do školy môže byť nebezpečný. Harry však varovanie ignoruje a vracia sa do Rokfortu spolu s Ronom a Hermionou.
Počas školského roka sa v škole začnú diať zvláštne a nebezpečné udalosti – niektorí študenti sú nájdení skamenení a medzi študentmi sa šíri strach. Objavujú sa povesti o Tajomnej komnate, ktorá bola kedysi otvorená a teraz sa znovu niekto pokúša jej silu použiť.
Harry začne počuť tajomný hlas, ktorý nikto iný nepočuje, a postupne sa dostáva bližšie k odhaleniu pravdy. Spolu s Ronom a Hermionou zisťujú, že Tajomná komnata skrýva nebezpečné monštrum a že za všetkým môže byť viac, než sa zdá.
Postupne sa ukáže, že minulosť školy a temné tajomstvá sú spojené s Harryho vlastným osudom. Harry sa nakoniec vydá do komnaty, aby zachránil jedného zo študentov a zastavil hrozbu, ktorá ohrozuje celú školu.
Na konci sa mu podarí poraziť nebezpečenstvo, odhaliť pravdu o komnate a zachrániť Rokfort, ale zároveň sa ukazuje, že temné sily v čarodejníckom svete stále existujú.
