Tretí rok na Rokforte začína pre Harryho dramaticky, keď po hádke s tetou Marge utečie z domu a dozvedá sa o úteku nebezpečného väzňa menom Sirius Black. Celý čarodejnícky svet je v pozore, pretože Black bol blízkym spojencom Voldemorta a predpokladá sa, že ide po Harrym, aby pomstil svojho pána. Školu preto začnú strážiť Dementori – hrozivé bytosti, ktoré vysávajú z ľudí všetko šťastie a na Harryho majú kvôli jeho traumám z minulosti mimoriadne zlý vplyv.
Počas školského roka sa Harry s pomocou nového profesora obrany proti čiernej mágii, Remusa Lupina, učí vyčariť Patrona, aby sa pred Dementormi dokázal brániť. Zároveň však odhaľuje tajomstvá o minulosti svojho otca a jeho priateľov. Napätie vrcholí, keď sa Harry, Ron a Hermiona v noci dostanú do Škriekajúcej búdy, kde sa stretnú tvárou v tvár Siriusovi Blackovi a profesorovi Lupinovi. Harry sa chystá na pomstu, no vzápätí zisťuje šokujúcu pravdu: Sirius Black nikdy jeho rodičov nezradil.
Skutočným vinníkom a zradcom bol ich ďalší priateľ, Peter Pettigrew, ktorý sa celých dvanásť rokov skrýval v podobe Ronovho potkana Prašivca. Práve on prezradil Voldemortovi úkryt Potterovcov a hodil vinu na Siriusa. Hoci sa pravda vyjasní, Pettigrewovi sa v zmätku po premene profesora Lupina na vlkolaka podarí ujsť. Harry a Hermiona sú nútení použiť Časovrat, aby sa vrátili v čase, zachránili Siriusa pred Dementormi a nevinného hipogrifa Hrdozobca pred popravou.
Hoci Pettigrew unikol a Sirius musí zostať na úteku, Harry získava niečo veľmi cenné – vedomie, že má krstného otca, ktorý ho miluje a je jeho skutočnou rodinou. Školský rok končí s nádejou, hoci nad svetom sa začínajú sťahovať čierne mraky kvôli Pettigrewovmu návratu k Voldemortovi.
