Príbeh sa odohráva v postapokalyptickom svete.
Hlavnou postavou je Thomas ktorý sa jedného dňa prebudí vo výťahu, ktorý ho priviezol do neznámeho miesta. Nevie, ako sa tam dostal, ani nič o svojej minulosti a ani svoje vlastné meno. Okrem neho sú tu aj ďalší chlalani, ktorí žijú tu na “fleku“ (uzavretý priestore, ktorý je obklopený obrovskými stenami labyrintu. Flek je ich domovom a jediným miestom, kde môžu prežiť pred plačlivcami (robotické príšery, ktoré sa pohybujú v labyrinte. Sú nemilosrdné a zabijú každého kto im stojí v ceste). Všetci tu žijú podľa prísnych pravidiel a organizujú sa do rôznych skupín, aby sa pokúsili nájsť spôsob, ako uniknúť.
Každý deň je posielaný tím bežcov, ktorí sa pokúšajú preskúmať labyrint a hľadať východ. A však nebezpečný. Okrem plačlivcov sa steny v labyrinte menia každú noc a východ von je čo raz ďalej ťažšie nájsť.
Po zachránení kapitána Albyho a Minha z labyrintu sa stane Thomas súčasťou tímu bežcov. Spolu s Minhom sa snažia nájsť východ z labyrintu. Po príchode neznámej dievčiny, Teresy, sa situácia ešte viac komplikuje. Teresa je prvou dievčinou, ktorá sa vo Fleku objaví, a jej príchod sprevádza podivné zmeny v správaní a atmosfére vo Fleku. Po utečení z labyrintu sa ukáže to, že to nie je náhodným miestom, ale je súčasťou oveľa väčšieho a zlovestného experimentu, v ktorom sa každý z jeho súčasníkov stal pokusným subjektom.
Thomas sa postupne stáva kľúčovou postavou v boji o prežitie, pretože má niečo, čo ostatní nemajú, je imúnny proti pomätencom.
V priebehu knihy sa objavujú nové tajomstvá, odhaľujú sa skryté motívy a postavy musia čeliť nie len pomätencom ale aj organizácie CHAOS, ktorá snaží vymyslieť liek na pomätencov ale veľmi zlými spôsobmi
Kniha sa zaoberá otázkami pamäti, identity a prežitia v extrémnych podmienkach. Thomas a jeho priatelia musia nájsť spôsob, ako prežiť v tomto nehostinnom prostredí, a zároveň odhaliť tajomstvá, ktoré sú za celým experimentom.
Napätie neustále rastie, a čitateľ je vedený z jedného tajomstva do druhého, pričom sa stále viac zbližuje k odhaleniu skutočného účelu tohto podivného sveta a cieľom CHAOSu. Labyrint je fascinujúca kniha plná napätia, akcie a zvratov, ktorá vás drží v napätí až do poslednej stránky. James Dashner vytvára svet, ktorý sa môže stať skutočnosťou aj tu v našom svete. Nikdy nevieme kedy sa Slnko z ničoho nič priblíži k Zemi a vytvorí z nás pomätencov.